Gereformeerde Kerk Wonderboompoort is die tweede oudste gemeente in Klassis Trans-Magalies. Dit het vir die eerste drie jaar van sy bestaan as die Gereformeerde Kerk Dirk Postma bekendgestaan.

Vanweë die uitbreiding in die oostelike gedeelte van die moedergemeente, Pretoria-Noord, het Wonderboompoort in Desember 1960 afgestig. Sewe maande later kon die nuwe gemeente twee erwe koop danksy ’n bruidskat van £500 en ’n geldinsameling. Eers moes die kerkraad met die dorpsraad onderhandel om verlof dat die erwe vir godsdiensdoeleindes gebruik kon word. Die boukommissie het bestaan uit ds. J.B. du Plessis en broers Jan Smit, J. Kotze, P. du Plessis en S van der Schuff.

Die kerkraad was van plan om as eienaarbouer op te tree en die plan is vervolgens opgestel deur W.E. Mussmann. Oudl. H. Krathz het die eerste sooi op 2 Maart 1963 gespit en drie maande later, op 8 Junie 1963, het ds. Du Plessis die hoeksteen gelê. Die name van die kerkraadslede is agter die hoeksteen ingemessel.

Soos die gebruik indertyd was, is die kerk se struktuur in ’n A-raam. Die vooraansig is ’n klipmuur. Die 35 m hoë toring het vier pilare en ’n agtkantige spits. Bo-op is ’n koperhand wat ’n verchroomde swaard vashou. Op dié swaard is ’n swart spiraal streep, die gevolg van ’n weerligstraal wat dit getref het.

Einde 1958 het Pretoria-Noord ’n sieletal van 1 355 gehad, die naashoogste in die Klassis Pretoria, wat destyds die hele stad beslaan het. Nadat Akasia ook nog op 2 April 1978 van Pretoria-Noord afgestig het, het daar einde 1997 in laasgenoemde gemeente ’n sieletal van 496 oorgebly en einde 2001 499. Wonderboompoort het einde 1997 ’n sieletal van 403 gehad en einde 2001 405. Albei gemeentes het egter in die daaropvolgende 13 jaar tot einde 2014 gekrimp: Pretoria-Noord tot ’n sieletal van 342 en Wonderboompoort tot 310. Saam met Akasia se sieletal van 440 was die moedergemeente en haar twee dogters (plus die 164 van Wonderboompoort se dogtergemeente, Pretoria-Rooiwal) se sieletal dus einde 2014 1 256, 99 minder in vier gemeentes as in die enkele gemeente Pretoria-Noord in 1958, voor enige afstigtings plaasgevind het.